Beberapa regulasi yang menjadi landasan operasional PTB antara lain:

KP 327 Tahun 2010 (6 September 2010)

Pemberian izin usaha kepada PT Pelabuhan Tiga Bersaudara sebagai badan usaha pelabuhan.

KP 328 Tahun 2010 (17 Desember 2010)

Penetapan lokasi pelabuhan untuk kegiatan transfer kapal ke kapal (STS transfer) di Muara Jawa dan Muara Berau, Samarinda.

KP 508 Tahun 2010

Pemberian izin kepada Otoritas Pelabuhan Samarinda untuk bekerja sama dengan PT Pelabuhan Tiga Bersaudara dalam operasional STS transfer.

Kesepakatan 10 Februari 2011 (No. PU.63/1/1/AD.SMD-11)

Kerja sama layanan kepelabuhanan, termasuk jasa pemanduan dan tug assist untuk kegiatan STS transfer di wilayah Muara Jawa dan Muara Berau.

KP 134 Tahun 2011 (2 Maret 2011)

Penetapan kewajiban pemanduan air dalam kegiatan STS transfer di wilayah tersebut.

KP 144 Tahun 2011 (3 Maret 2011)

Pemberian izin resmi kepada PT Pelabuhan Tiga Bersaudara untuk melaksanakan layanan pemanduan dalam kegiatan STS transfer di Muara Jawa dan Muara Berau. (pra)