Setelah Perang Dunia II berakhir, fasilitas kesehatan di Balikpapan mengalami sejumlah perubahan. 

Pada 1945, Belanda mendirikan NICA Hospital di kawasan Asrama Bukit yang dipimpin oleh Kapten dr. Maag. 

Dua tahun kemudian, rumah sakit tersebut berganti nama menjadi GBZ Hospital (Government Burgerlijk Ziekenhuis).

Perubahan besar terjadi pada 12 September 1949 ketika rumah sakit dipindahkan ke gedung baru di kawasan Gunung Sari Ulu, Jalan Jenderal Ahmad Yani. 

Dari lokasi inilah rumah sakit berkembang menjadi Rumah Sakit Umum Balikpapan dan menjadi pusat pelayanan kesehatan utama bagi masyarakat Balikpapan serta wilayah sekitarnya.

Krisis Bangunan dan Pembangunan Rumah Sakit Baru

Seiring pertumbuhan penduduk dan meningkatnya kebutuhan layanan kesehatan, Rumah Sakit Umum Balikpapan terus berkembang. 

Pada 1982, rumah sakit berhasil naik status menjadi rumah sakit kelas C dengan dukungan empat dokter spesialis dasar dan kapasitas 326 tempat tidur.

Namun pada Mei 1983, sebagian besar bangunan rumah sakit mengalami keretakan serius akibat kondisi struktur tanah yang tidak stabil. 

Demi keselamatan pasien dan tenaga kesehatan, bangunan yang rusak kemudian dibongkar dan diganti dengan bangunan semi permanen.

Hasil penelitian geologi menunjukkan bahwa lokasi lama tidak lagi ideal untuk pengembangan rumah sakit berskala besar. 

Karena itu, pemerintah mulai menyusun master plan pembangunan rumah sakit baru pada 1985.

Pembangunan rumah sakit baru dimulai pada 31 Maret 1994 di Jalan Letjen MT Haryono (Ring Road), Balikpapan Utara.