Untuk jalan tol, RTRW mencantumkan tiga jalur utama yakni Jalan Tol Balikpapan–Samarinda, Jalan Tol Samarinda–Bontang, dan Jalan Tol Samarinda–Tenggarong.
Namun, dalam dokumen tersebut dijelaskan bahwa rencana Jalan Tol Samarinda–Bontang dan Jalan Tol Samarinda–Tenggarong masih bersifat indikatif. Perwujudannya akan mengikuti kebijakan dan ketentuan sektor terkait yang membidangi pembangunan jalan tol.
Selain jalan tol, RTRW Samarinda juga memuat sejumlah jalur ring road yang menjadi bagian dari jaringan jalan kolektor primer.
Beberapa ruas yang tercantum antara lain Ring Road I, Ring Road II, Ring Road III, hingga Ring Road IV yang menghubungkan sejumlah kawasan strategis di Kota Samarinda.
Dokumen RTRW juga mencantumkan pengembangan akses menuju Bandara Aji Pangeran Tumenggung (APT) Pranoto, kawasan Palaran, Muara Jawa, hingga sejumlah jalur penghubung menuju wilayah penyangga lainnya.
