Untuk penanganan stroke dan gangguan saraf, RSUD dr. Kanujoso Djatiwibowo mengoperasikan layanan neurovaskular di Gedung H. Imdaad Hamid lantai 3. 

Layanan ini didukung teknologi diagnostik modern untuk pemindaian pembuluh darah otak serta tenaga medis yang terdiri dari dokter spesialis saraf dan tim multidisiplin. 

Kehadiran layanan tersebut memungkinkan pasien mendapatkan diagnosis dan penanganan lebih cepat guna mengurangi risiko kecacatan akibat stroke. 

Kanker (Onkologi)

RSUD dr. Kanujoso Djatiwibowo juga memiliki Pelayanan Kanker Terpadu yang berpusat di Gedung Lavender. 

Fasilitas ini menyediakan layanan kemoterapi terpadu, konsultasi onkologi, serta instalasi radioterapi yang didukung teknologi modern. 

Rumah sakit ini juga memiliki mesin LINAC yang digunakan untuk terapi radiasi presisi bagi pasien kanker, sehingga pelayanan kanker dapat dilakukan secara lebih komprehensif di Kalimantan Timur. 

Gagal Ginjal (Uronefrologi)

Layanan uronefrologi menjadi salah satu andalan RSUD dr. Kanujoso Djatiwibowo dalam menangani pasien dengan penyakit ginjal dan saluran kemih.