Karier Puguh Harjanto di birokrasi banyak berkaitan dengan pengembangan pemerintahan daerah, khususnya pemberdayaan masyarakat dan pembangunan desa. 

Pengalaman tersebut menjadi modal penting hingga akhirnya dipercaya menduduki jabatan strategis di lingkungan Pemerintah Provinsi Kalimantan Timur.

Pernah Menjabat Kepala DPMPD Kalimantan Timur 

Sebelum dilantik sebagai Staf Ahli Bidang III, Puguh Harjanto menjabat sebagai Kepala Dinas Pemberdayaan Masyarakat dan Pemerintahan Desa (DPMPD) Provinsi Kalimantan Timur.

Sebagai kepala dinas, Puguh Harjanto bertanggung jawab mengoordinasikan berbagai program pembangunan desa, penguatan kapasitas aparatur pemerintahan desa, pemberdayaan masyarakat, hingga peningkatan kualitas kelembagaan desa di seluruh kabupaten dan kota di Kalimantan Timur. 

Data kepegawaian DPMPD Kaltim juga mencatat Puguh Harjanto sebagai Kepala Dinas sebelum rotasi jabatan dilakukan pada akhir Juni 2026.  

Selama memimpin DPMPD, Puguh Harjanto dikenal aktif mendorong berbagai program pembangunan desa.